在经济体制转型时期由政府主导的能源审计仍然是克服市场障碍的有效工具，关键是要进行运作机制的深化改革，使它更适应经济体制改革的要求。具体来说应向以下几个方面转变：
1、由政府强制性能源审计改为政府引导，企业自愿性能源审计。政企分开和民营企业的发展，强制性能源审计已经失去了运作的基础，也与市场经济原则相悖。
2、由免费审计改为收费审计。由示范案例性质的能源审计改为大范围审计，使耗能单位愿意接受能源审计这种能源管理手段，并减轻国家的负担。
3、由以节能量为基础的能源审计改为以节能成本效益为中心的能源审计。这样才能发挥耗能单位进行节能技术改造的积极性。
4、能源审计要与政府的激励政策相结合。政府应鼓励企业自愿性的能源审计，应参照外国政府和一些国际金融机构的做法，将政府的优惠财税政策和支助项目、银行的优惠贷款等与企业能源审计相结合起来，一来提高企业的积极性，其二也显示政府的公正。